Dispersés à travers la planète 4546B, les sanctuaires des Architectes sont des caches secrètes renfermant des cubes d'ion et des bases de données. Par exemple, le sanctuaire situé dans la zone des algues rouges (Blood Kelp Zone) à des coordonnées approximatives de -554, -534, 1518, offre quatre cubes d'ion et des informations sur les Architectes.
Le Laboratoire Omega, construit par Alterra, est situé dans un rocher flottant au centre du biome des îles aux nénuphars (Lilypad Islands). Bien que le biome puisse sembler inquiétant, il est généralement exempt de créatures hostiles, rendant la recherche du laboratoire relativement sûre. À l'intérieur, les joueurs peuvent trouver des ressources intéressantes, y compris un plan pour les Palmes à Chargeur de Nage.
Subnautica ne propose pas de voyage rapide traditionnel, mais les Téléporteurs Architectes offrent une forme de téléportation entre deux points spécifiques. L'un se trouve dans les Spires Arctiques et l'autre au Centre de Robotique Phi. Bien que cela ne résolve pas tous les problèmes de déplacement, c'est un moyen pratique de voyager entre deux des zones arctiques les plus significatives du jeu.